Гарантированно будут выдавать навыки, когда очередной персонаж будет по сюжету уходить из команды. Также их выдают за победу над определенными сюжетными боссами будут валяться неподалеку. Но также некоторые навыки можно найти другим путем поговорив с кем-то или поискав в укромных местах.
Навыков много и описывать это долго. Но можно посмотреть на GameFAQ например.