Оружие Зеро получается в лаборатории R&D после переработки редких металлов (Rare Metals), найденных на локациях. Материалы для каждого оружия находятся на локациях:

D Glaive — Dark Mantis
B Fan — Gravity Antonion
K Knuckle — Gravity Antonion
T Breaker — Burn Rooster
S Blade — доступно для покупки в Новой игре+ после прохождения на сложности выше Easy

Некоторые довольно сложны в поиске.

Вот гайд на русском:

http://megaman-world.ru/e107_plugins/content/content.php?content.15

Но советую вначале поискать самому, так интересней.