Элридж точно не имеет отношения к ковчегу. элридж - корабль с прототипом оружия, ковчег после трансформации стал крестом, насколько я помню. концовка 3-го эпизода предельно прозрачна - цикл сансары удалось разорвать, иешуа вместе с нефилим, как промежуточные сущности-хранители забирают души отрицающих мир людей ( гнозис ) в момент катаклизма на земле с помощью машины заратустры. однако, поскольку для мира остается надежда, то эта вселенная сохраняется, полный апокалипсис отменен. по сути, теперь существует две вселенных.
Авелев ковчег - точно не космический корабль, это скорее часть самого Авеля как терминала наблюдения за вселенной. присмотревшись, можно увидеть в его 'захвате' остальные планеты солнечной системы. особенность ксеносаги - в каббалистическом взгляде на духовный мир, поэтому у-до настолько чужд людям и поэтому авель так похож на аутиста, отчаянно пытающегося осознать мир.
Собсно, на тему предшествующих времени 1-го эпизода событий где-то был ряд вполне официальных комментариев... эксперименты с зоаром (ключ-портал в божественное измерение, своего рода преобразователь абсолютной энергии) привели к контакту большей части человечества с у-до (так тут зовут вариацию на тему Бога) в единый момент времени. по ветхозаветным источникам, нельзя взглянуть в лицо творца и остаться в живых, в игре же это проявляется в виде панического ужаса существа от взгляда в его душу божественной сущности. этот момент истины ставит существо перед выбором - как быть? принять себя и свою жизнь или возненавидеть и желать изменить миропорядок, отдалиться от остальных... вспомните вопросы Абеля, а ведь он - аватар у-до в физическом пространстве. отрицающие бессмертные души стали... правильно, гнозисом. чтобы спасти человечество, божественная сущность инкапсулировала участок земного пространства с помощью сверхкорабля Абеля (Авелев ковчег). и там Земля ждет своего часа, чтобы после одного из циклоб Заратустры был найден способ изменить историю и вернуться в момент катастрофы.