Мне кажется, что да ведь это делают даже разработчики в тех же MGS Master Collection (не помню какой там последний был). 

Полный список изменений тут в разделе Changes (https://metalgear.fandom.com/wiki/Metal_Gear_(NES)).

Найти бы теперь для этого дела нормальный список платформ чтобы понимать что куда выходило.

 Upd. Спасибо, чекнул ссылку. Тогда надо будет как-нибудь разделить добро от говна как настроение появится.