А есть иные отличия?

Графически Naomi версия использует текстурки с Dreamcast. Местами они кажутся лучше, например персонажи, а местами нет. Но PS2 краше в общем, т.к. у нее взято все из Veronica X. Все эффекты точно на PS2 лучше. Выстрелы, попадания, огонь и т.п.

В Naomi версии нет режима Dungeon или Пещера как окрестили наши пираты надмозги) То бишь, там всего 5 уровней и все. 

Ну и нет никаких настроек игры. Кредиты, сложность, время, все стандартное. Может можно изменить через эмуляцию самой кабинки и ее переключателей, но фиг его знает. На PS2 все это есть в меню. Также там есть включение ИИ помощника, который бегает как второй персонаж и даже может наносить урон и помирать. У него в настройках уровни включаются, но PS2 версию только сегодня-завтра буду стримить, так что еще не во всем разобрался и что это за уровни не знаю.

В Naomi версию можно играть вдвоем, тип две кабинки рядом. Думаю по эмулятору через сетку тоже можно попытаться. PS2 имеет ли второго игрока не знаю. Хотя предположу, что для этого нужен хотя бы один пистолет Guncon. А может как-то подругому. Не пробовал. 

В общем PS2 версия типа супериорнее, но вот она существует только в PAL. Есть ромхаки для NTFS, но они ломают таймер. Он на 10 кадров быстрее идет получается. И за счет PAL этого, ты как через вазелин в нее играешь. Плюс эффект блюра постоянный. Даже через хаки эмуля не все убирается. Naomi версия бодрее носится, не имеет блюра и просто приятнее по ощущениям. Но она обрубок на фоне, к сожалению. 

Большое спасибо.

Стокер, и я бы убрал Rail shooter из тегов. Т.к. ты в игре сам передвигаешься. Как и в первой. Это больше FPS. Автопередвижения там нет ни в каком виде.